Từ năm 1864, Francisco de Asís đảm nhiệm vai trò chủ tịch của Hội đồng Cơ mật Tây Ban Nha (Consejo del Reino).

Năm 1868, Francisco cùng Isabel II sống lưu vong ở Pháp và lấy tước hiệu ẩn danh là Bá tước xứ Moratalla. Ngày 25 tháng 6 năm 1870, Isabel II thoái vị để ủng hộ con trai của hai vợ chồng là Alfonso XII — người đã lên ngôi năm 1874 sau khi chế độ quân chủ được phục hồi. Trong khoảng thời gian đó, Francisco de Asís và Isabel II đã ly thân và dần trở thành bạn tốt của nhau.

Năm 1881, Francisco de Asís đến cư trú tại lâu đài Épinay-sur-Seine (hiện là tòa thị chính). Francisco qua đời ở đó vào năm 1902, dưới sự chứng kiến của Isabel II và hai con gái, Isabel và Eulalia.[3]